醫(yī)圣祠，據(jù)南陽(yáng)縣志記載：“宛郡即（南陽(yáng)）東高阜處，為張家巷，相傳有仲景故宅。延曦門東迤北二里，仁濟(jì)橋西，有仲景墓。明洪武初年，有指揮名郭云者，鎮(zhèn)南陽(yáng)，奉明太祖命修宛城，將各祠墓廟中碑記盡仆，為修城之用，惟仲景墓，僅存其名，,而亦仆之，墓隨沒于耕牧。明末祝姓穿井墓側(cè)，得石碣，題曰：“漢長(zhǎng)沙太守醫(yī)圣張仲景墓”，迨清朝順治乙未，有張三異者，為南陽(yáng)知府，慕仲景之豐功偉績(jī)，又兼與仲景同族，乃捐俸以集同志，建祠三楹于墓后，并求仲景當(dāng)年手著活人等書，藏之廟，以活天下萬(wàn)世之人”。此為現(xiàn)有文獻(xiàn)中的最早記載。

《醫(yī)圣張仲景祠墓志》記載，明?嘉靖二十五年（公元1536年）儒醫(yī)沈津、越夔等人士倡首，修建三皇廟，唐藩王撰文立石（石碑殘存）。

明《漢長(zhǎng)沙太守醫(yī)圣張仲景靈應(yīng)碑》載：“南陽(yáng)城東仁濟(jì)橋西有圣祖廟，十大名醫(yī)中塑有仲景先生像”。

醫(yī)圣祠屢有増修，清朝康熙二十七年，由醫(yī)界周景福等，捐入祠地六頃七寸余畝，作為修葺祠宇及祭典費(fèi)用。

時(shí)久到乾隆三十五年，又由醫(yī)界方道鰲、曹禎祥等三十七人，捐銀二百四十一兩三錢，始把祠地贖回。

嘉慶十五年，醫(yī)界張森律、張燊律等，又集資將祠宇重修，費(fèi)銀七百二十六兩。

道光九年，中醫(yī)皇甫良、王德漣等，組成“醫(yī)林會(huì)館”，對(duì)醫(yī)圣祠祠地進(jìn)行整頓，并加以管理。

咸豐以后，累年戰(zhàn)火，管理無人，祠地再度被典，祠宇逐漸荒涼，建筑破壞不堪。到光緒九年，“醫(yī)林會(huì)館”首事曹鴻恩、陸逢春等，又發(fā)起捐欵，贖地重修，醫(yī)圣祠賴以保存，并增建亭臺(tái)，規(guī)模更為莊嚴(yán)宏麗。

據(jù)清末曹德宇編繪的醫(yī)圣祠圖志記載：整個(gè)祠宇包括正偏兩院，正院建筑，有山門、中殿、正殿、兩廡等，在殿塑有仲景坐像，及歷代名醫(yī)像，為供人謨拜之地。偏院建筑，則極為曲折，幽雅清麗，儼然洞府。由中院向西，過月門一道，“為梅花亭”及“醫(yī)圣井”，井傍植三春古柳—株，徑越兩圍，柳絲倒垂，綠陰蔽日；由井折向北，而為“荷花池”，白蓮千莖，翠蓋盈池，中建“湖心亭”，與“醫(yī)圣橋”相接，而登“小蓬萊”，疊石為山，上筑“靈樞閣”。登臨遠(yuǎn)眺：豫山矗其后，白河橫其前，市廛耕牧,盡收眼底。由山下行，過“碑樓”，而達(dá)“桂花軒”，有古桂六株，婆娑成林，秋風(fēng)送爽，芬芳滿院。由“桂花軒”穿角門東向，為“素間亭”及“內(nèi)經(jīng)樓”，相傳藏書極富，為醫(yī)人聚會(huì)之地。院植古龍柏一株，靈霄花繞其上，覓花合藥者，竟日不絕。此外建筑，尚有“春臺(tái)亭”，“待月軒”，“仁術(shù)齋”，“廣濟(jì)館”等，均極精雅，每年上已、重九兩節(jié)，為香火大會(huì)，仕女云集，極一時(shí)之盛。

凊代以后，在消滅中醫(yī)的政令下，醫(yī)圣祠所有祠田全部被沒收，祠院地基，也漸次被地霸侵占。截至解放前夕，莊嚴(yán)輝煌的醫(yī)圣祠，僅存荒塚一坯，破殿一院。

解放后的1956年，南陽(yáng)市政府對(duì)醫(yī)圣祠加以初步整修，除對(duì)現(xiàn)存房舍、仲景像、仲景墓，加以重修外，并在殿外，建筑圍墻一周，大門一座，并于門前，增修茅亭，中立“醫(yī)圣張仲景故里”古碑一方，規(guī)模初具，醫(yī)圣祠由此獲得新生。

現(xiàn)今，醫(yī)圣祠位于河南省南陽(yáng)市城東溫涼河畔，占地面積12030平方米，其中房屋建筑物面積6669平方米，含各式房屋136間。墓祠古建筑群占地3200平方米，建筑計(jì)有大殿、東西偏殿、過殿、拜殿、仲景墓、春臺(tái)亭、秋風(fēng)閣、行方齋、智圓齋、仁術(shù)館、廣濟(jì)館、仲圣堂、壽膳堂、山門、六角亭、醫(yī)圣井、荷花池、歷代名醫(yī)塑像、東西碑廊、大門、漢闕等。館藏器具文物100余件（套），古籍書刊文獻(xiàn)1萬(wàn)余冊(cè)。